final public static void ensurePresenceOfDistribution( final PhylogenyNode node ) { if ( !node.getNodeData().isHasDistribution() ) { node.getNodeData().setDistribution( new Distribution( "" ) ); } }
public boolean isEmpty() { return ( ForesterUtil.isEmpty( _node_name ) && !isHasSequence() && !isHasTaxonomy() && !isHasBinaryCharacters() && !isHasDate() && !isHasDistribution() && !isHasEvent() && !isHasProperties() && !isHasReference() && ( ( _vector == null ) || _vector .isEmpty() ) ); }
Distribution d = null; n = t1.getNode( "root node" ); if ( !n.getNodeData().isHasDistribution() ) { return false; if ( !n.getNodeData().isHasDistribution() ) { return false; if ( !n.getNodeData().isHasDistribution() ) { return false; if ( !n.getNodeData().isHasDistribution() ) { return false; if ( !n.getNodeData().isHasDistribution() ) { return false; if ( !n.getNodeData().isHasDistribution() ) { return false;
|| ( node.getNodeData().isHasSequence() && !TreePanelUtil.isSequenceEmpty( node.getNodeData() .getSequence() ) ) || ( node.getNodeData().isHasDate() ) || ( node.getNodeData().isHasDistribution() ) || node.getBranchData().isHasConfidences() ) { _popup_buffer.setLength( 0 ); short lines = 0; if ( node.getNodeData().isHasDistribution() ) { lines++; if ( _popup_buffer.length() > 0 ) {
getBinaryCharacters().toPhyloXML( writer, level, indentation ); if ( isHasDistribution() ) { for( final Distribution d : getDistributions() ) { d.toPhyloXML( writer, level, indentation );
private void createNodes( final DefaultMutableTreeNode top, final PhylogenyNode phylogeny_node ) { if ( !phylogeny_node.getNodeData().isHasTaxonomy() ) { phylogeny_node.getNodeData().addTaxonomy( new Taxonomy() ); } if ( !phylogeny_node.getNodeData().isHasSequence() ) { phylogeny_node.getNodeData().addSequence( new Sequence() ); } if ( !phylogeny_node.getNodeData().isHasDistribution() ) { phylogeny_node.getNodeData().addDistribution( new Distribution( "" ) ); } if ( !phylogeny_node.getNodeData().isHasReference() ) { phylogeny_node.getNodeData().addReference( new Reference( "" ) ); } addBasics( top, phylogeny_node, NodePanel.BASIC ); addTaxonomy( top, phylogeny_node.getNodeData().getTaxonomy(), NodePanel.TAXONOMY ); addSequence( top, phylogeny_node.getNodeData().getSequence(), NodePanel.SEQUENCE ); if ( !phylogeny_node.isExternal() ) { addEvents( top, phylogeny_node.getNodeData().getEvent(), NodePanel.EVENTS ); } addDate( top, phylogeny_node.getNodeData().getDate(), NodePanel.DATE ); addDistribution( top, phylogeny_node.getNodeData().getDistribution(), NodePanel.DISTRIBUTION ); addReference( top, phylogeny_node.getNodeData().getReference(), NodePanel.LIT_REFERENCE ); // addProperties( top, phylogeny_node.getNodeData().getProperties(), "Properties" ); }
if ( phylogeny_node.getNodeData().isHasDistribution() ) { addDistribution( top, phylogeny_node.getNodeData().getDistribution(), DISTRIBUTION );