public String buildAllele(String chromosome, Integer start, Integer end, String allele, Pair<Integer, Integer> adjustedRange) { if (start.equals(adjustedRange.getLeft()) && end.equals(adjustedRange.getRight())) { return allele; // same start / end } if (StringUtils.startsWith(allele, "*")) { return allele; // no need } return getReferenceBase(chromosome, adjustedRange.getLeft(), start) + allele + getReferenceBase(chromosome, end, adjustedRange.getRight()); }